Der Verein „Charta der Vielfalt e. V.“ besteht aus vier Gremien.

Die Mitgliederversammlung ist das Leitungsgremium der Initiative. Sie bestimmt maßgeblich deren strategische Entwicklung und inhaltliche Ausrichtung. Die ordentlichen Sitzungen finden einmal jährlich statt.

Aus dem Kreis der Mitgliederversammlung wird ein Vorstand gewählt, der die Geschäfte des Vereins führt. Er tagt im zweimonatlichen Rhythmus. Auf dem Gründungstreffen am 10. September 2010 wurden die Deutsche Bahn AG sowie McDonald's Deutschland in den Vorstand gewählt. Die Deutsche Telekom AG wurde zeitnah ebenfalls in den Vorstand berufen. Die Integrationsbeauftragte der Bundesregierung ist darüber hinaus festes Vorstandsmitglied.

Ein Beirat repräsentiert alle Unterzeichnersegmente und hat beratende Funktion für den Vorstand des Vereins. Die Unterzeichner der Charta sind in die Segmente Großunternehmen, mittlere und kleine Unternehmen, öffentlicher Sektor und dritter Sektor (Vereine, Verbände und Stiftungen) unterteilt. Der Beirat wird durch den Vorstand nach Bedarf einberufen, mindestens jedoch zweimal jährlich.

Die operativen Aktivitäten der Initiative werden durch eine Geschäftsstelle geplant und durchgeführt. Der Vorstand bestellt die Geschäftsführung der Geschäftsstelle und bestimmt die strategischen Leitlinien der Aktivitäten.